Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü; yeni teknolojilerle birlikte hızlı biçimde değişen istihbarat ve güvenlik ekosistemini anlamlandırmak, bu değişimi takip etmek ve yönlendirmek üzere Türkiye’nin ihtiyaç duyduğu stratejik alanlarda lisansüstü programlar açmakta ve yürütmektedir. Yapay zeka ve veri analitiği, siber güvenlik ve kriptoloji, uydu ve uzay teknolojileri ile yeni nesil teknolojilere odaklanmakla birlikte enstitü, mühendislik ve fen bilimleri alanında yeni ve öncü programlar yürütecektir.